Ученые Института цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук (ИЦиГ СО РАН) разработали программный комплекс для анализа геномов микроорганизмов. По их словам, разработка поможет упорядочить данные о генетическом материале бактерий, что будет способствовать дальнейшим исследованиям и выведению новых полезных штаммов микробов.
Результаты опубликованы в сборнике конференции Parallel Computing Technologies, сообщает РИА Новости.Специалисты отметили, что сегодня в хранилище геномов микроорганизмов, с которым работают ученые ИЦиГ, находится информация о порядка 1,5 тыс. штаммов, причем эти данные разнородные, начиная от простых коротких прочтений и собранных геномов и заканчивая полногеномными аннотациями и математическими моделями.
Понятие "полногеномная аннотация" подразумевает получение полной последовательности генетически наследуемой информации генома. Далее с помощью аналитических программ определяется то, какие функциональные гены там находятся. Ученые могут использовать созданное программное обеспечение для сравнения различных штаммов и прогнозирования новых свойств микробов.
Исследователи ведут также поиск оптимальных метаболических путей для эффективного производства полезных веществ (например, аминокислот) с помощью изменения генетического набора либо среды обитания микроорганизмов.
Алексей Мухин, младший научный сотрудник сектора биоинформатики и информационных технологий в генетике ИЦиГ СО РАН, выпускник аспирантуры ИЦиГ:
Использование бактерий в производстве веществ для фармакологии, кормовых добавок, бытовой химии - это уже чисто прикладная задача, которая подразумевает работу по соглашениям с промышленными партнерами.
Он добавил, что сейчас проект используют в рамках одного исследовательского центра, в перспективе он будет доступен и другим ученым, работающим с геномами бактерий. Биологи ИЦиГ СО РАН с помощью разработанного программного комплекса проводят аналитические вычисления на уже собранных и аннотированных геномах без применения экспериментальных методов.
"Предложенная система решает задачи института в представлении генетической информации наших штаммов в совокупности с математическими моделями метаболизма", - подчеркнул Мухин.
В данном проекте работают биологи, математики и программисты.
В ИЦиГ СО РАН отметили важность того, что в проекте задействованы молодые ученые. "IT-специалист Алексей Мухин пришел в научную аспирантуру ИЦиГ и со временем занял одну из ключевых ролей в нашем коллективе, ведущем разработки в области математического моделирования микроорганизмов. Его вклад стал именно тем "кирпичиком", которого им не хватало, поскольку в коллективе преобладают генетики и биологи. Так научная аспирантура дает старт карьере молодого ученого, а институту позволяет привлекать необходимые молодые таланты в работу своих исследовательских групп", - рассказал ведущий научный сотрудник ИЦиГ СО РАН Сергей Лашин.
По словам специалистов ИЦиГ СО РАН, важность создания собственного программного обеспечения подчеркивали, в частности, на круглом столе, организованном Курчатовским геномным центром на X Международном форуме технологического развития "Технопром-2023".
Фото: pexels.com
Вам также может понравится:
-
Первый раз в первый класс, или Как адаптироваться к школе первокласснику
-
В Китае археологи нашли ДНК человека, жившего 6 тыс. лет назад
-
Что будет, если резко отказаться от алкоголя - отвечает врач
Ученые Института цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук (ИЦиГ СО РАН) разработали программный комплекс для анализа геномов микроорганизмов. По их словам, разработка поможет упорядочить данные о генетическом материале бактерий, что будет способствовать дальнейшим исследованиям и выведению новых полезных штаммов микробов. Результаты опубликованы в сборнике конференции Parallel Computing Technologies, сообщает РИА Новости.
Специалисты отметили, что сегодня в хранилище геномов микроорганизмов, с которым работают ученые ИЦиГ, находится информация о порядка 1,5 тыс. штаммов, причем эти данные разнородные, начиная от простых коротких прочтений и собранных геномов и заканчивая полногеномными аннотациями и математическими моделями.
Понятие "полногеномная аннотация" подразумевает получение полной последовательности генетически наследуемой информации генома. Далее с помощью аналитических программ определяется то, какие функциональные гены там находятся. Ученые могут использовать созданное программное обеспечение для сравнения различных штаммов и прогнозирования новых свойств микробов.
Исследователи ведут также поиск оптимальных метаболических путей для эффективного производства полезных веществ (например, аминокислот) с помощью изменения генетического набора либо среды обитания микроорганизмов.
Алексей Мухин, младший научный сотрудник сектора биоинформатики и информационных технологий в генетике ИЦиГ СО РАН, выпускник аспирантуры ИЦиГ:
Использование бактерий в производстве веществ для фармакологии, кормовых добавок, бытовой химии - это уже чисто прикладная задача, которая подразумевает работу по соглашениям с промышленными партнерами.
Он добавил, что сейчас проект используют в рамках одного исследовательского центра, в перспективе он будет доступен и другим ученым, работающим с геномами бактерий. Биологи ИЦиГ СО РАН с помощью разработанного программного комплекса проводят аналитические вычисления на уже собранных и аннотированных геномах без применения экспериментальных методов.
"Предложенная система решает задачи института в представлении генетической информации наших штаммов в совокупности с математическими моделями метаболизма", - подчеркнул Мухин.
В данном проекте работают биологи, математики и программисты.
В ИЦиГ СО РАН отметили важность того, что в проекте задействованы молодые ученые. "IT-специалист Алексей Мухин пришел в научную аспирантуру ИЦиГ и со временем занял одну из ключевых ролей в нашем коллективе, ведущем разработки в области математического моделирования микроорганизмов. Его вклад стал именно тем "кирпичиком", которого им не хватало, поскольку в коллективе преобладают генетики и биологи. Так научная аспирантура дает старт карьере молодого ученого, а институту позволяет привлекать необходимые молодые таланты в работу своих исследовательских групп", - рассказал ведущий научный сотрудник ИЦиГ СО РАН Сергей Лашин.
По словам специалистов ИЦиГ СО РАН, важность создания собственного программного обеспечения подчеркивали, в частности, на круглом столе, организованном Курчатовским геномным центром на X Международном форуме технологического развития "Технопром-2023".
Фото: pexels.com
Вам также может понравится:
-
Первый раз в первый класс, или Как адаптироваться к школе первокласснику
-
В Китае археологи нашли ДНК человека, жившего 6 тыс. лет назад
-
Что будет, если резко отказаться от алкоголя - отвечает врач
Свежие комментарии